No ano de 1897 nos festejos de São João Batista, acontecia a transferência desta paróquia que se localizava no seringal São Pedro de Arimã para a sede do município de Canutama. A partir de então, tem início as atividades pastorais tendo como 1º. Pároco Pe. José Laurindo que permaneceu no exercício de suas funções até 08 de março de 1903.

 No dia 03 de abril de 1904 assume como 2º. Pároco o Pe. Manoel de Sena Martins que lança a pedra fundamental, onde é construída na várzea, a primeira Igreja de madeira. No dia 23 de abril de 1907 assume como 3º. Pároco, o Pe. Francisco José Maria, que permaneceu até 1919.

 Do ano de 1919 até 10 de julho de 1942, a Paróquia de São João Batista permanece vacante, anexada à Paróquia de Lábrea. Após 23 anos sem pároco, Frei Isidoro Irigovem assume o pastoreio por 26 anos. Neste período, Frei Isidoro também é o responsável pelo início da estrutura da atual Igreja e da Escola Marista.

 Devido as precárias condições da primeira Igreja construída na várzea, D. José Alvarez, Administrador Apostólico da Prelazia assume o compromisso da construção da atual Igreja Matriz que teve sua pedra fundamental lançada no dia 1º. de janeiro de 1945.

 Nos festejos de 1946 foi oficializado o hino a São João Batista da autoria de Frei Agostinho Delgado, missionário de Lábrea.

O festejo do ano de 1947 lembrou a celebração das bodas de ouro da paróquia, sendo realizada a missa dentro dos alicerces da nova Igreja em construção.

 A inauguração oficial da nova Matriz aconteceu no dia 04 de outubro de 1962, dia de São Francisco de Assis, onde ocorreu a transladação do Santíssimo Sacramento e das imagens que se encontravam provisoriamente numa sala da casa paroquial.

 A presença dos Agostinianos Recoletos, na administração da Paróquia São João Batista marcou o início dos trabalhos de evangelização pastoral na sede e, sobretudo nas comunidades ribeirinhas. Esta administração permaneceu até o ano de 2004.

 No ano do ano 2005, a paróquia São João Batista recebe o missionário da Igreja-irmã de Vitória, Pe. Antônio Pego que assume as funções pastorais até o final deste mesmo ano. Pe. Antônio deixa a Paróquia de Canutama para assumir a promoção vocacional da Prelazia no Centro Vocacional Frei Jesus Pardo, em Lábrea.

 Desde o ano de 1991 o Pe. Henrique Giera assume os trabalhos pastorais e desobrigas junto às comunidades ribeirinhas sendo um grande colaborador na evangelização. Com a saída de Pe. Antônio, Pe. Henrique assume também os trabalhos pastorais das comunidades da sede paroquial até junho deste mesmo ano.

Em 19 de fevereiro de 2006 sob a imposição das mãos de D. Jesus Moraza, acontece a ordenação diaconal de Éder Carvalho Assunção, que em junho de 2006 assume como coordenador e administrador da Paróquia São João Batista. No dia 20 de agosto de 2006 o Diácono Eder é ordenado presbítero sob a imposição das mãos de D. Jesus Moraza, em Guarapari/ES.

 No dia 10 de setembro de 2006 Pe. Eder Carvalho Assunção chega à Canutama para continuar os trabalhos de evangelização da Paróquia São João Batista junto com as pastorais existentes, bem como fomentar a criação de outras forças vivas.

 No dia 05 de Setembro de 2010 Pe. Francisco das Chagas Alves Ferreira chega a Canutama para continuar os trabalhos de evangelização da Paróquia São João Batista junto com as pastorais existentes, bem como fomentar a criação de outras forças vivas, em sua administração no ano de 2011, tivemos a Entronização do Santíssimo nas Comunidades Santa Rita de Cássia e Nossa Senhora Aparecida. Na Comunidade São Pedro, trabalhos para construir a Capela de alvenaria e deu – se início a construção de uma cozinha com salão na Comunidade São Francisco de Assis. Ainda nesse mesmo ano, iniciou uma reforma na Igreja Matriz, retirando toda infiltração, colocando calhas nas laterais para retirar vazamentos, revestindo as colunas de gesso e restaurando a madeira do Forro.  Em agosto de 2012 quem assume é o Bispo Dom Jesus e o Padre Henrique.

 No dia 19 de Janeiro de 2013, chega em Canutama o Padre Francisco de Paulo Pereira da Silva. Para dar continuidade aos trabalhos. Na sua administração deu continuidade a reforma da Igreja Matriz que estava parada. Construiu uma nova Capela do Santíssimo e deu um novo espaço a Pia Batismal, reformou o coreto e prosseguiu com a pintura da Igreja e dos dois salão. Também continuidade a construção da Comunidade São Francisco de Assis, construiu a cozinha da Comunidade Santa Rita de Cássia e da Comunidade Nossa Senhora Aparecida.

No dia 27 de fevereiro de 2014, chega em Canutama o Padre Antonio Batista de Lima. A ele caberá o cuidado pastoral da Paroquia São João Batista e comunidades, conforme programação articulada com o Conselho de Pastoral e em diálogo constante com os/as demais missionários/as da Paróquia. No dia 01 de março de 2014 foi nomeado pelo bispo Dom Jesus Moraza Ruiz de Azúa Administrador da referida Paróquia em equipe com os outros missionários que forem chegando para auxilia-lo pastoralmente, com características próprias de Pároco.